出願書類は単なるテキスト文書に改行のための＜BRタグ＞と呼ばれる符号がついたHTML文書で、テンプレートになるサンプルファイルが公開されていますので、このテンプレートに従って出願書類を作成します。ただし、このインターネット出願ソフトには＜ＨＴＭＬエディター＞というソフトは含まれていませんので別途準備して出願書類を作成します（Ｗｏｒｄ／メモ帳などでも代用は可能と思います）。また、説明に図面を用いる場合は、別途図面作製アプリを用いて、GIFやJPG画像で図面化する必要があります。この図面もモノクロ2色でないと警告が表示されます。
　HTMLフォーマットで出願書類と図面などが準備できたら、インターネット出願ソフトに「文書入力」します。
　インターネット出願ソフトのルートフォルダ（標準は　C:\JPODATA　）の下に、「出願用」などの適当なフォルダーを作成します。そしてそこに作成した出願用ファイルを全てコピーします。（出願書類は一応HTMLフォーマットで、図面など別ファイルはリンクがかかっていますので、予め同一フォルダーで作成しておかないと、エラーになる可能性があります。）

　まず、「出願」タブで「送信ファイル」を選択します。すると上の「文書入力」というボタンがアクティブになってクリックできます。
ここをクリックすると出願ファイルの参照ウィンドウが開きますので、先ほどコピーしたフォルダーの出願ファイルを選択して「指定完了」ボタンを押します。

インストールされている電子証明書（電子的なハンコのようなもので本人であることを証明する）で署名（暗号化）をするための確認画面が表示されます。実行ボタンを押すと書類の形式チェックも同時に行われます（数十秒）。

署名・チェックが終わると以下のようなウィンドウにチェック結果が表示されます。

もし上図の赤丸内のようにエラーや警告があったら「入力チェック結果表示」ボタンを押すとエラーや警告内容が表示されます。下の図はチェックの結果で図面をモノクロで作成しなかったため警告が出たことを示しています。

エラーは修正しないとファイルが送信トレーに入らず送信できません。警告はそのままでも送信できますが、文字数が推奨の字数に入らないなどの警告なら無視しても構いませんが上記のような図面にかかわる警告などは自動で減色されると意図が伝わらない可能性があるので、なるべく自分で訂正した方が良さそうです。（グレーの濃さで領域の違いを表現していたりする場合、ハッチングの向きや密度で領域を塗りなおした方が明快です）
　エラーや警告が出なくなるまで上記文書入力作業を繰り返します。私が遭遇した若干のエラー対処の仕方はこちら。特にエラーや警告がなければ以下のような表示になります。

念のために「入力結果表示」を押すと今度は「正常に処理されました」となりました。

　これでやっと該当の「特許願い」を選択すると「オンライン出願」ボタンがアクティブになって押せます。

　「オンライン出願」ボタンを押すと送信確認ウィンドウが表示されます。

「OK」ボタンを押せば　特許庁にSSL（暗号化）接続して送信が始ります。文書や図面のサイズによりますが、ADSL以上だったら 2-3分で送信が完了します。

　無事送信が終われば、以下のような表示が出ます。

　受理済みフォルダーの中は「接受」という結果が表示されます。

　「受領書」フォルダーの中を確かめると、確かに今回の出願の日時で受領書があります。

　作成結果の出願書類を、上記のように出願前にインターネット出願ソフトでチェックして、少なくともエラーが出たら修正しないと出願できません。警告が出ることもありますが、警告は無視しても出願は出来るのに対して、エラーがある場合はファイルが送付トレーに入らずに、出願ボタンが押せません。
　今までの、紙の出願の場合は同じようなエラーでもとりあえず受け付けられてしまいましたし、項目名の漢字が平仮名だったくらいでは特許の有効性にも影響はなかったと思いますので、オンライン出願ではそれだけ形式が厳密にチェックされていることになります。
　取り敢えず私はそのエラーを何とか修正はしましたが、多分ここでつまずく人もいると思い、参考までに私が遭遇したエラーとその対処内容を列挙しておきます。